Ogni anno il CNIPA, entro il mese di febbraio, comunica alle amministrazioni le linee strategiche alle quali fare riferimento nella predisposizione del piano triennale. A seguito della nomina (giugno 2001) del Ministro per l'Innovazione e le Tecnologie, che ha delega di funzioni di "indirizzo, coordinamento ed impulso nella definizione ed attuazione dei programmi di innovazione connessi all'uso delle tecnologie dell'informazione e comunicazione", le linee strategiche emanate dal CNIPA si collocano all'interno del quadro definito dagli atti di indirizzo del Ministro, in particolare quelli orientati alla modernizzazione e digitalizzazione delle Pubbliche Amministrazioni. In tale quadro le linee strategiche focalizzano le diverse iniziative del CNIPA a sostegno della digitalizzazione nelle PA centrali, evidenziando le opportunità che ne derivano ed indicando i vari interventi e progetti che le amministrazioni sono chiamate a realizzare.